Abteilung 1
Die Abteilung 1 ist zuständig für die Verfolgung von Wirtschaftsstrafsachen gemäß § 74 c GVG für die Landgerichtsbezirke Würzburg, Aschaffenburg und Schweinfurt.

Daneben ist sie auch zuständig für die Verfolgung von Vorenthalten und Veruntreuen von Arbeitsentgelt, politischen und Pressestrafsachen, Geldwäschedelikten, Straftaten gegen den Wettbewerb (§§ 298-302 StGB) und Korruptionsdelikten, sowie Verfahren gegen Richter und Staatsanwälte, Verfahren gegen Rechtsanwälte wegen Straftaten im Zusammenhang mit ihrer beruflichen Tätigkeit und Verfahren gegen Abgeordnete, soweit diese Straftaten im Bezirk des Landgerichts Würzburg begangen wurden.


Abteilung 2
Die Abteilung 2 ist zuständig für allgemeine Strafsachen, Schwurgerichts- und Leichensachen, Behandlungsfehler von Ärzten und Pflegepersonal, Betäubungsmittelsachen, Arzneimittelsachen, Ausländersachen, Waffen- und Sprengstoffsachen.


Abteilung 3
Die Abteilung 3 ist zuständig für Verkehrsstrafsachen, allgemeine Strafsachen, Sexualstrafsachen, Jugendschutzsachen, häusliche Gewalt, Binnenschifffahrtssachen, Wehrstrafsachen und Strafsachen nach dem NATO-Truppenstatut, sowie die Durchführung des Täter-Opfer-Ausgleichs.


Abteilung 4
Die Abteilung 4 ist zuständig für allgemeine Strafsachen, Brandsachen, Geld- und Wertzeichenfälschung, Jugendsachen, und Straftaten gegen den Umweltschutz, Arbeitsschutz und Tierschutz, sowie die zentrale Bearbeitung aller Vollstreckungssachen einschließlich der Verfahren nach § 81 g Abs. 4 StPO (DNA).



Überdies wurde der Staatsanwaltschaft Würzburg durch Einzelzuweisung gemäß § 145 Absatz 1 GVG zum 1. Oktober 1972 die Zuständigkeit für Nationalsozialistische Gewaltverbrechen aus dem gesamten Bezirk der Generalstaatsanwaltschaft Bamberg übertragen.

Aufgrund Sonderzuweisung des Bayerischen Staatsministeriums der Justiz gemäß §§ 145, 147 Nummer 2 GVG ist die Behörde ferner bayernweit zuständig für Lebens- und Futtermittelsachen, soweit die Straftat die Herstellung von Getränken betrifft (JMS vom 3. März 2011 Gz. 4640 - II - 4864/2006).

Weitere Verfahren bei anderen Staatsanwaltschaften

Zentralstelle Cybercrime Bayern (ZCB)

Herausgehobene Verfahren der Computerkriminalität werden durch die Zentralstelle Cybercrime Bayern bei der Generalstaatsanwaltschaft Bamberg geführt. Diese Zentralstelle ist bayernweit zuständig für die Bearbeitung herausgehobener Ermittlungsverfahren im Bereich der Cyberkriminalität. Sie ermittelt in Zusammenarbeit mit den entsprechenden Spezialisten der bayerischen Polizei z. B. bei Angriffen auf bedeutende Wirtschaftszweige oder bei Verfahren aus dem Bereich der organisierten Cyberkriminalität. Auch dann, wenn ein hoher Ermittlungsaufwand im Bereich der Computer- und Informationstechnik abzuarbeiten ist, werden die Staatsanwälte der Zentralstelle tätig.

Bayerische Zentralstelle zur Bekämpfung von Betrug und Korruption im Gesundheitswesen (ZKG)

Seit dem 15. September 2020 gibt es bei der Generalstaatsanwaltschaft Nürnberg die
Bayerische Zentralstelle zur Bekämpfung von Betrug und Korruption im Gesundheitswesen (ZKG).

Die ZKG ist zuständig für Korruptions- und Vermögensstraftaten, die Angehörige der Heilberufe, welche für die Berufsausübung oder die Führung der Berufsbezeichnung eine staatlich geregelte Ausbildung benötigen, im unmittelbaren Zusammenhang mit ihrer Berufsausübung begehen.

Die Zuständigkeit der ZKG erstreckt sich auf den gesamten Freistaat Bayern. Sie umfasst das gesamte Ermittlungs- und Strafverfahren. In den von ihr geführten Verfahren nimmt die Zentralstelle auch die Aufgaben der Vollstreckungsbehörde wahr.

Die ZKG dient außerdem als zentrale Ansprechstelle und wirkt bei regionalen und
überregionalen Aus- und Fortbildungsmaßnahmen der Justiz und der Polizei mit.

Die Zentralstelle besteht aus einem Leitenden Oberstaatsanwalt, fünf Oberstaatsanwälten, fünf Staatsanwälten als Gruppenleitern sowie drei Staatsanwälten.